シングルセルRNAシーケンス解析
組織特異的な遺伝子発現パターンや細胞間の相互作用を明らかにします。10x Genomics Chromium、BD Rhapsody™シングルセル解析システムの2つのプラットフォームより選択いただけます。
10x Genomics Chromium
特長
- シングルセルレベルで細胞の特性を解析し、細胞集団内の不均一性を特定
- トランスクリプトーム解析により、遺伝子発現プロファイリングを網羅的に取得
- 分子バーコード（UMI）を用いたPCR Duplicateや増幅バイアスの除去による、高精度な発現解析
解析内容
10x Genomics Chromiumプラットフォームにより、細胞の単離およびシングルセルライブラリーの作製を行い、Illuminaシーケンサーを用いてシーケンスを行います。取得したリードをゲノム参照配列にマッピング後、細胞バーコードやUMIのカウント数に基づき、細胞のクラスタリングや発現解析を実行します。
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| 対象 生物種 |
サンプル | 使用試薬 | 解析細胞数 | シーケンサー | データ量 | データ解析 |
|---|---|---|---|---|---|---|
| ヒト マウス |
調製済み細胞 1×106 cells～ |
Chromium Single Cell 3ʹ v3 Reagent |
2000 cells | NovaSeq 6000 | 1細胞あたりの 平均リード数： 20,000リード |
データ解析 なし |
| 5000 cells | データ解析 あり |
シーケンスのみのご依頼も承っております。シーケンスのみの場合は、10x Genomics以外で作製したライブラリーでも実施可能です。詳細は弊社までご相談ください。
データ解析
10x GenomicsのCell rangerパイプラインにより、取得したリードに対してアライメント、細胞カウンティング等の前処理後、Theragen Bio.独自のSeurat R packageパイプラインを用いた解析を行います。Seurat R packageでは、シングルセルの品質管理により低品質の細胞をフィルタリング後（細胞QC）、発現比較解析を行い、発現解析クラスタリングやクラスター間系統樹、発現レベルのヒートマップ等を生成します。
- 解析データ例：
シングルセルの品質管理（細胞QC）
発現解析およびクラスタリング（クラスター間系統樹、ヒートマップ等）
ご提出いただくサンプル
以下の条件を満たさない場合や、ウイルス等による感染性が疑われるサンプルの場合は事前にご相談ください。Theragen Bio.にてサンプルの品質確認を実施し、品質を満たさない場合はご連絡いたします。
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| 材料 | 必要量 | 保存容器 | 保存方法 | 備考 |
|---|---|---|---|---|
| 調製済みの細胞※ | 1×106 cells以上 | 1.5～2 mLチューブ | -80℃ | ― |
※サンプルの調製方法はこちらをご参照ください。
納品物
以下を納品いたします。
- 各共通：解析報告書
- データ解析なし：シーケンスデータ（Fastq）
- データ解析あり：シーケンスデータ（Fastq）、Cell rangersデータ、Seurat R package
納品方法：ファイル転送（FTP）
価格・納期
ご依頼内容に基づき、価格と納期をご提案いたします。お気軽にお問い合わせください。
ご依頼方法
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ご依頼
「解析依頼書」および別紙「サンプルリスト」に必要事項をご記入いただき、担当販売代理店までご提出ください。
「解析依頼書」フォーマットは、お手数ですが弊社もしくは担当販売代理店までお申し付けください。
※ご依頼の際は、「解析依頼書」に添付の「解析サービスのご利用にあたり」を必ずご確認ください。
※遺伝子組み換え生物等をサンプルとしてご提供いただく場合は、別途「遺伝子組換え生物等に関する情報提供用紙」もご送付ください。
「遺伝子組換え生物等に関する情報提供用紙」こちらからダウンロードいただけます。
サンプルのご送付
解析に必要なサンプルを、下記の送付先までご送付ください。送付日につきましては事前にご相談ください。
- サンプルには、解析依頼書別紙「サンプルリスト」を同梱してください。
- 各サンプルチューブに、解析依頼書別紙「サンプルリスト」に記入したサンプル番号もしくはサンプル名を明記してください。
- サンプルは、以下の輸送条件にて着払いでご送付ください。
| サンプルの保存条件 | 輸送条件 |
|---|---|
| 超冷凍（-80℃） | ドライアイス梱包・冷凍便 |
送付先詳細は「受託解析サービス ご利用案内」をご参照ください。
留意事項
- ご依頼内容により、Theragen Bio.（韓国）、またはイムノジェネテクス株式会社にて実施する場合があります。
- 倫理審査を要する研究に本サービスの結果をご利用される場合は、ご所属機関における倫理審査委員会の承認を得たうえでご依頼ください。詳細は、「ヒトゲノム・遺伝子解析受託解析サービスについて」をご確認ください。
- サンプルにウイルス等による感染を疑うべき事情がある場合は、必ず弊社にご相談ください。安全の確認がとれない場合には、サービスの提供ができない場合がありますので、予めご了承ください。
- 個人情報に関しては、個人が特定できないよう匿名化したうえでご提供ください。
- お客様より提供いただいたサンプルおよび解析データ等は、業務終了後30日間保管し、当該期間の経過後に廃棄いたします。返却をご希望の場合は、事前にご相談ください。